Die Ev.-luth. Stiftung Hünenburg ist dem Diakonischen Werk der Ev.-luth. Landeskirche Hannovers e.V. und damit dem Diakonischen Werk der Evangelischen Kirche in Deutschland e.V. als Spitzenverband der freien Wohlfahrtspflege angeschlossen.
Ein ehrenamtlich tätiger Stiftungsvorstand, der sich aus verschiedenen Berufsgruppen und Fachrichtungen zusammensetzt, legt übergeordnet und richtungsweisend die Leitlinien der Gesamteinrichtung fest. Im Rahmen vierteljährlicher Sitzungen werden in enger Kooperation mit der Geschäftsführung die Vergangenheit evaluiert und die Gegenwart geplant, um die Einrichtung zukunftsfähig zu erhalten, den in ihr tätigen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern einen sicheren Arbeitsplatz zu bieten und Kindern, Jugendlichen und jungen Erwachsenen ein sicheres und geborgenes Zuhause und eine positive Perspektive bieten zu können.