Die Ev.-luth. Stiftung Hünenburg ist Mitglied des Diakonischen Werkes in Niedersachsen e.V. und damit der Diakonie Deutschland - Bundesverband als staatlich anerkanntem Spitzenverband der Freien Wohlfahrtspflege im Evangelischen Werk für Diakonie und Entwicklung e. V. - angeschlossen.
Ein ehrenamtlich tätiger Stiftungsvorstand, der sich aus verschiedenen Berufsgruppen und Fachrichtungen zusammensetzt, legt übergeordnet und richtungsweisend die Leitlinien der Gesamteinrichtung fest. Im Rahmen vierteljährlicher Sitzungen werden in enger Kooperation mit der Geschäftsführung die Vergangenheit evaluiert und die Gegenwart geplant, um die Einrichtung zukunftsfähig zu erhalten, den in ihr tätigen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern einen sicheren Arbeitsplatz zu bieten und Kindern, Jugendlichen und jungen Erwachsenen ein sicheres und geborgenes Zuhause und eine positive Perspektive bieten zu können.